在公司运营和治理中，股东之间的权益分配是一个核心问题。持股比例和实缴注册资本比例于股东而言均关系到权益分配，它们分别代表了股东在公司中的权益份额和实际投入资本的份额。
公司法规定，有限公司股东可以约定不按实缴出资比例分红（公司法第二百一十条），在公司增资时不按实缴出资比例行使优先认缴权（公司法第二百二十七条）。股份有限公司章程可以规定不按出资比例分配红利（公司法第二百一十条）。虽然公司法第二百二十七条规定股份公司增资时股东不享有优先认缴权，但同时规定股份公司章程可以对股东优先认缴权事项作出规定。即股份公司可以依据章程确定部分股东享有优先认缴权，也可约定不按实缴出资比例行使优先认缴权。
股东认缴的注册资本是构成公司资本的基础，但公司的有效经营并不仅依赖于股东认缴的注册资本，有时还需要其他条件或资源，如特殊的经营资源、技术等，单纯以出资来决定股权比例并不能适应企业的实际经营和发展需要。为了满足公司资本的要求，同时平衡各股东之间的利益，实践中会出现股东之间约定实际出资数额与各股东占有公司股权比例并不一一对应的现象，即出资比例与持股比例不一致。
对于有限责任公司而言，如果股东之间约定实际出资与持股比例不一致，该种约定是否有效？
案例1：股东可以书面协议约定由其中一名股东完成公司全部出资
裁判要旨：
各股东的实际出资数额和持有股权比例属于公司股东意思自治的范畴。股东持有股权的比例一般与其实际出资比例一致，但有限责任公司的全体股东内部也可以约定不按实际出资比例持有股权，该约定并不影响公司资本对公司债权担保等对外基本功能实现。
基本案情：2006年10月26日，国华公司、启迪公司和豫信公司签署《10.26协议》，约定三方设立科美公司，国华公司出资300万持股30%，豫信公司出资150万持股15%，启迪公司出资550万持股55%。但是，科美公司的注册资本1000万元全部由国华公司负责筹集投入。同日，各方通过了科美公司《章程》，约定按以上持股比例足额缴纳认缴出资，另约定章程与《10.26协议》冲突的，以《10.26协议》约定为准。
为完成出资，国华公司向启迪公司转款50万元、豫信公司转款150万元后，各股东均以自己名义按照《章程》约定将出资汇入科美公司。后国华公司主张启迪公司和豫信公司未实际出资，滥用股东权利损害国华公司的权益，起诉要求科美公司的全部股权归国华公司所有。
该案经开封市中院一审、河南省高院二审、并经最高院再审，最高院最终判定各方签署的《10.26协议》有效，驳回了国华公司的诉讼请求。裁判观点：
股东认缴的注册资本是构成公司资本的基础，但公司的有效经营有时还需要其他条件或资源，因此，在注册资本符合法定要求的情况下，我国法律并未禁止股东内部对各自的实际出资数额和占有股权比例做出约定，这样的约定并不影响公司资本对公司债权担保等对外基本功能实现，并非规避法律的行为，应属于公司股东意思自治的范畴。《10.26协议》约定科美投资公司1000万元的注册资本全部由国华公司负责投入，而该协议和科美投资公司的章程均约定股权按照启迪公司55%、国华公司35%、豫信公司15%的比例持有。《10.26协议》第十四条约定，国华公司7000万元资金收回完毕之前，公司利润按照启迪公司16%，国华公司80%，豫信公司4%分配，国华公司7000万元资金收回完毕之后，公司利润按照启迪公司55%，国华公司 30%，豫信公司15%分配。根据上述内容，启迪公司、国华公司、豫信公司约定对科美投资公司的全部注册资本由国华公司投入，而各股东分别占有科美投资公司约定份额的股权，对公司盈利分配也做出特别约定。这是各方对各自掌握的经营资源、投入成本及预期收入进行综合判断的结果，是各方当事人的真实意思表示，并未损害他人的利益，不违反法律和行政法规的规定，属有效约定，当事人应按照约定履行。该1000万元已经根据《10.26协议》约定足额出资，依法进行了验资，且与其他变更事项一并经工商行政机关核准登记，故该 1000万元系有效出资。以启迪公司名义对科美投资公司的500万元出资最初是作为保证金打入科美咨询公司账户，并非注册资金，后转入启迪公司账户，又作为投资进入科美投资公司账户完成增资，当时各股东均未提出任何异议，该500万元作为 1000万元有效出资的组成部分，也属有效出资。按照《10.26协议》的约定，该500万元出资形成的股权应属于启迪公司。启迪公司作为科美投资公司的股东按照《10.26协议》和科美投资公司章程的约定持有的科美投资公司55%股权应当受到法律的保护。
案件来源：
最高人民法院：深圳市启迪信息技术有限公司与郑州国华投资有限公司、开封市豫信企业管理咨询有限公司、珠海科美教育投资有限公司股权确认纠纷一案【（2011）民提字第6号】
案例2：可结合章程、验资报告、股东会会议记录等证据认定各股东持有的股权比例与实际出资比例不一致
裁判要旨：
即使公司全体股东未书面明确约定，但各股东在投入资金后，公司章程、股东会议纪要均确认了各股东的认缴出资额及股权比例，并在验资报告中确认了各股东已经实缴的情况下，结合各股东的关系，可确定全体股东的真实意思表示即为不按实际出资比例持有股权，各股东按公司章程约定持有股权。
基本案情：
2005年8月，黄雪城、毛丽娟、毛宁辉共同出资800万元成立新城公司，各股东在关于公司成立的股东会会议纪要中约定，黄雪城出资600万元，占75％；毛丽娟、毛宁辉各自出资100万元，均占12.5％，并按照以上约定通过了新城公司《章程》。
经会计师事务所审验并出具验资报告，确认黄雪城、毛丽娟、毛宁辉已缴足章程规定的800万元注册资本，出资比例与章程规定一致。2006年3月14日，新城公司正式成立，公司登记机关登记的股东姓名及出资额、股权份额与章程规定一致。但毛丽娟实际出资50万元，占比6.25%；毛宁辉实际出资29万元，占比3.625%。经营过程中，各股东就毛丽娟、毛宁辉的持股比例事宜与新城公司、黄雪城发生争议。毛丽娟、毛宁辉起诉要求确认其各自分别持有新城公司的股权份额12.5%。新城公司、黄雪城认为应按照实缴出资比例确定持股比例。
本案经一审、二审、再审、最高法申诉多个程序，裁判观点几经反复，最终最高人民法院确认毛丽娟、毛宁辉均拥有新城公司12.5％的股权。
裁判观点：
就本案而言，按照黄雪城、毛丽娟、毛宁辉签署的新城公司章程，黄雪城、毛丽娟、毛宁辉三人分别以现金方式出资600万元、100万元和100万元，相应持股比例为75%、12.5%和12.5%。就黄雪城、毛丽娟、毛宁辉三人的出资，宁远疑山联合会计师事务所出具验资报告，确认上述800万元出资已经缴足，其中10万元存入相应银行账号，其余资金用于购买涉案土地。虽然根据本案实际情况，在新城公司成立之前，黄雪城等人即已经竞拍拍得土地使用权，但相关土地是由新城公司作为受让人与宁远县国土资源局签订《国有土地使用权出让合同》，并由新城公司直接取得国有土地使用权证，黄雪城从未成为土地使用权人，也就无法以土地使用权直接出资。因此，验资报告所述以790万元资金作为实缴资本相应购买涉案土地一节，与本案事实更为相合。一审判决认定黄雪城、毛丽娟、毛宁辉三人是以土地使用权作价790万元作为实缴出资，与本案法律关系有所差异，本院予以纠正。据此，应当认定上述800万元出资已经实缴到位。
……股东持有股权的比例一般与其实际出资比例一致，但有限责任公司的全体股东内部也可以约定不按实际出资比例持有股权。就上述购置土地的790万元及现金10万元出资的来源，虽然毛丽娟、毛宁辉各自均未向黄雪城或新城公司实际支付相应的100万元，但黄雪城、毛丽娟、毛宁辉三人在签署新城公司章程、股东会议纪要、办理验资和申办新城公司成立的过程中，对此都是明知的，加之考虑到黄雪城、毛丽娟、毛宁辉三人之间的亲属关系，应当认定黄雪城、毛丽娟、毛宁辉三人并未以毛丽娟、毛宁辉实际支付的现金数额作为确定股权比例的依据，黄雪城、毛丽娟、毛宁辉三人在新城公司章程中约定的各自占有75%、12.5%和12.5%股权比例，在验资报告中确认上述注册资本已实际缴足，均系黄雪城、毛丽娟、毛宁辉三人真实意思表示，不违反法律规定，且新城公司也是按照上述比例办理的工商登记，应当以此确认黄雪城、毛丽娟、毛宁辉三人的股权份额。原审判决以实际出资比例确定股权份额适用法律错误，本院予以纠正。案件来源：
最高人民法院：毛丽娟、毛宁辉股东资格确认纠纷案【（2017）最高法民再198号】
实务建议
2.公司章程、股东间协议可对各股东持有股权的比例进行特别约定。如公司股东存在实际出资比例与股权比例不一致的情况，应就各方的出资及股权比例等真实意思进行书面约定，以尽可能避免产生争议。实务中，确认股权分配往往以实际出资比例作为依据，但是如果未按约定进行出资实属股东真实意思表示，那么股权分配也会尊重公司股东的意思自治。需注意，出资比例与股权比例不一致的约定有效至少应满足以下条件：（1）该约定是各方当事人的真实意思表示；（2）全体股东达成合意，在股东协议中明确约定，并写入公司章程；（3）不损害他人利益、不违反法律法规和行政法规的规定。
3.公司章程、股东名册、股东会议等资料作为股东意思自治的体现，具有较高的证明力，其对股东间份额的记载是确认股东资格的重要依据，股东应当予以及时搜集和妥善保存；另外，应将对股权份额的特别约定的发起人协议/公司章程/股东会决议等文件办理工商登记/备案，未经登记不能对抗第三人，股东未按照章程规定实缴出资，将可能在公司财产无法清偿债务时，在认缴出资额范围内承担责任。
相关规定
《中华人民共和国公司法》第四条 有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。
第四十七条 有限责任公司的注册资本为在公司登记机关登记的全体股东认缴的出资额。全体股东认缴的出资额由股东按照公司章程的规定自公司成立之日起五年内缴足。法律、行政法规以及国务院决定对有限责任公司注册资本实缴、注册资本最低限额、股东出资期限另有规定的，从其规定。
第四十八条 股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权、股权、债权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资。但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。对作为出资的非货币财产应当评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价。法律、行政法规对评估作价有规定的，从其规定。
第五十六条 有限责任公司应当置备股东名册，记载下列事项：（一）股东的姓名或者名称及住所；（二）股东认缴和实缴的出资额、出资方式和出资日期；（三）出资证明书编号；（四）取得和丧失股东资格的日期。记载于股东名册的股东，可以依股东名册主张行使股东权利。
《最高人民法院关于适用<中华人民共和国公司法>若干问题的规定（三）》（2020修正）
